Le Conseil de Communauté, le Bureau, les commissions et les réunions de secteur sont autant d'instances de réflexion et d'échange dans lesquelles les élus de l'agglomération travaillent à constituer une identité communautaire ainsi qu'un territoire de projets et d'actions.

Au sein du Conseil de Communauté, chaque commune est représentée par au moins un délégué titulaire et un délégué suppléant.

La représentation est fonction du seuil de 1 000 habitants :

• une commune de moins de 1 000 habitants a 1 délégué titulaire et 1 délégué suppléant
• une commune de plus de 1 000 habitants a 2 délégués titulaires et 2 délégués suppléants

Pour la périphérie, les délégués représentent 60% du Conseil de Communauté.

Pour Besançon, les élus de la Ville représentent 40% du Conseil de Communauté (l'ensemble des membres du Conseil municipal de Besançon siège comme délégués titulaires).