L'organisation de la Communauté d'Agglomération du Grand Besançon évolue en permanence (transfert de personnel, mutualisation de services avec la Ville de Besançon, arrivée de nouveaux collègues...).
Aujourd'hui, cette organisation vise à répondre aux enjeux de la mandature :
- les grands projets du Grand Besançon : la Cité des Arts et de la Culture et le Tramway représentent les deux projets d'investissement majeurs du mandat qui vont marquer durablement l'agglomération
- l'exercice des compétences majeures et statutaires du Grand Besançon : transports et déplacements, développement économique et emploi, habitat et politique de la ville, équipements touristiques, culturels et sportifs, environnement, gestion et traitement des déchets
- la maîtrise des dépenses de fonctionnement : le budget de fonctionnement doit être maîtrisé
- la gouvernance du territoire : le partenariat est à développer, c'est un enjeu essentiel autour du projet de territoire, que doit porter le Grand Besançon
Elle doit également répondre à différentes orientations :
- Rendre lisible et mettre en oeuvre efficacement le projet de mandature et de territoire
- Hiérarchiser l'organisation en fonction des priorités
- Gagner en efficacité
- Regrouper les fonctions dans le but d'atteindre une taille critique suffisante
- Prendre en compte les mouvements de cadres
- Mieux organiser la place des services mutualisés et faciliter la collaboration avec la Ville de Bessançon
L'organisation du Grand Besançon est constituée d'un nombre limité de collaborateurs autour du Directeur Général des Services, avec des délégations larges, partageant les compétences communautaires entre deux Directeurs Généraux Adjoints et 3 pôles :
- Une organisation basée sur 5 entités, directement rattachées au Directeur Général des Services
- 2 Directions Générales des Services, décloisonnées fonctionnelles / opérationnelles
- 3 pôles, en charge des moyens techniques, de la prospective et des relations aux élus - communication

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