La Communauté d'Agglomération du Grand Besançon est présente dans différentes structures en tant que membre fondateur, membre adhérent ou partenaire financier.
Grâce à sa collaboration avec ces structures, le Grand Besançon s'ouvre sur l'ensemble des composantes qui façonnent le vie des 176 000 habitants et construit l'avenir du territoire.

PLIE : Plan Local pour l'Insertion et l'Emploi
La mission du Plan Local pour l'Insertion et l'emploi consiste en l'insertion professionnelle des publics fragilisés. Le Grand Besançon apporte son soutien au PLIE dont la démarche s'appuie notamment sur les structures d'insertion et les entreprises du secteur économique.
Président : Annie Ménétrier

Mission locale du bassin d'emploi du Grand Besançon
La Mission Locale du bassin d'emploi du Grand Besançon accueille les jeunes de 16-25 ans, sortis du système scolaire, et recherchant une orientation professionnelle, une formation et/ou un emploi, un stage ou encore un maître d'apprentissage. Elle intervient sur une zone d'environ 205 000 habitants.
Président : Annie Ménétrier

CDP : Conseil de Développement Participatif
Il est une instance consultative du Grand Besançon composée de représentants de la société civile et d'acteurs sociaux et économiques. Il est chargé de formuler un avis sur le projet d'agglomération et participe à sa déclinaison opérationnelle.
Co-présidents (membres de la société civile) : Frédérique Lesné, Gérard Moyse 

SYBERT : Syndicat Mixte de Besançon et sa Région pour le Traitement des déchets
Il gère le traitement des déchets pour le Grand Besançon ainsi que pour 7 autres communautés de communes des environs de Besançon (198 communes et plus de 220 000 habitants).
Président : Éric Alauzet

SMSCoT : Syndicat Mixte du Schéma de Cohérence Territoriale
Il vise à donner un cadre cohérent au développement et à l'organisation du territoire du Grand Besançon et des communautés de communes voisines. Son périmètre concerne 133 communes.
Président : Raymond Reyle

AudaB : Agence d'urbanisme de l'agglomération de Besançon
Fondée à l'initiative de la Communauté d'Agglomération, du SMSCoT, du département du Doubs et de l'État, l'agence d'urbanisme est un outil partenarial de réflexion et d'aide à la décision. Elle étudie et conseille dans les domaines de l'aménagement et du développement.
Président : Jean-Paul Dillschneider